Lahirnya Pondok Pesantren Al Amin berawal dari suatu pemikiran perlunya mencetak kader-kader muda yang berkualitas dan berwawasan luas serta memiliki kepribadian luhur, berjiwa mandiri, berguna bagi agama, bangsa dan negara. untuk mewujudkan pemikiran tersebut, timbullah gagasan mendirikan sebuah pesantren yang berorientasi pada kualitas dan memiliki keunggulan komperatif maupun kompetitif sesuai dengan tuntutan perjuangan islam masa kini dan mendatang.
Kurikulum Pesantren Al Amin adalah KTSP dengan pengayaan agama, bahasa dan sainstek (IT) dengan proses pembelajaran yang memadukan pelbagai kecerdasan (Multiple Intelligence) bertekad membangun profesional muda yang siap memasuki dunia kerja maupun melanjutkan ke perguruan tinggi.
Pesantren Al Amin menerima santri baru angkatan 2010-2011 program MTs-Pesantren Al Amin Putra-Putri. Jalur pendaftaran terbagi menjadi 1. Delegasi LP Ma'arif NU 2. Beasiswa (PMDK) dan 3. Reguler/Mandiri. waktu pendaftaran : Jalur PMDK yaitu 1 Maret 2010-24 Juni 2010. Jalur Reguler yaitu 1 Maret 2010-1 Juli 2010. Delegasi LP Ma'arif yaitu Jln. Brawijaya 99 Mojokerto telp. 0321 393936. Pendaftaran pukul 07.00-13.00 WIB setiap hari sabtu-kamis (Hari Jum'at dan Hari Besar Nasional libur).
Tempat Pendaftaran: Kantor PonPes Al Amin Putra Jln. R.A. Basuni 18 Japan Sooko Mojokerto tlp. 0321-329676/ Kantor PonPes Al Amin Putri (Ponpes Al Khadijah) Jln. Raya Surodinawan Prajurit Kulon Mojokerto tlp. 0321-382215